マルチディスプレイ環境で、セカンダリ側で全画面を実行すると、プライマリ側で全画面化されてしまいます。 こちらの環境はXPで、セカンダリ側がプライマリの左に来るように配置しています。
マルチディスプレイの場合は、セカンダリ側で実行した場合はセカンダリ側で全画面になるほうが良いのではないでしょうか?